Τα Ενιαία Ειδικά Επαγγελματικά Γυμνάσια-Λύκεια λειτουργούν υπό ενιαία διοίκηση, Διευθυντή και κοινό Σύλλογο Διδασκόντων. Τα Ενιαία Ειδικά Επαγγελματικά Γυμνάσια-Λύκεια περιλαμβάνουν τις τάξεις Α΄, Β΄,Γ΄ Δ΄ Γυμνασίου και τις τάξεις Α΄, Β΄, Γ΄, Δ΄ Λυκείου. Στα Ενιαία Ειδικά Επαγγελματικά Γυμνάσια-Λύκεια εγγράφονται, κατόπιν γνωμάτευσης του ΚΕΔΔΥ, μαθητές με αναπηρία και ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες, οι οποίοι επωφελούνται από τα ωρολόγια και αναλυτικά προγράμματα της συγκεκριμένης δομής, και μέσα από την ακαδημαϊκή και επαγγελματική εκπαίδευση μπορούν να οδηγηθούν σε μεταλυκειακές δομές εκπαίδευσης και σε ανεξάρτητη ή εποπτευόμενη εργασία. Αναλυτικά:

Στις τάξεις Α΄, Β΄, Γ΄, Δ΄ Γυμνασίου εφαρμόζονται τα ωρολόγια και αναλυτικά προγράμματα των Γυμνασίων γενικής εκπαίδευσης, όπως διαμορφώνονται με την υπουργική απόφαση που εκδίδεται δυνάμει της περίπτωσης α΄ της παρ. 2 του άρθρου 28 του ν. 4186/2013 (Α΄ 193), όπως ισχύει, ύστερα από εισήγηση της Διεύθυνσης Ειδικής Αγωγής και Εκπαίδευσης του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων και σχετική γνωμοδότηση του I.E.Π.

Στην Α΄ τάξη Γυμνασίου δύνανται να εγγράφονται, κατόπιν γνωμάτευσης του ΚΕΔΔΥ, μαθητές απόφοιτοι Γενικού ή Ειδικού Δημοτικού Σχολείου και της Α΄ ή Β΄ τάξης των ΕΕΕΕΚ. Δικαίωμα πρώτης εγγραφής έχουν οι μαθητές έως το 16ο έτος της ηλικίας τους. Μετά την ολοκλήρωση της φοίτησης των μαθητών στη Δ΄ τάξη χορηγείται τίτλος απολυτηρίου Γυμνασίου.

Οι κάτοχοι απολυτηρίου Γυμνασίου του Ενιαίου Ειδικού Επαγγελματικού Γυμνασίου-Λυκείου δύνανται να συνεχίσουν τη φοίτησή τους, κατόπιν σχετικής γνωμάτευσης του ΚΕΔΔΥ: i) στην Α΄ τάξη Λυκείου του Ενιαίου Ειδικού Επαγγελματικού Γυμνασίου-Λυκείου, ii) στην Α΄ τάξη του Γενικού Λυκείου, iii) στην Α΄ τάξη του Ειδικού Λυκείου, iv) στην Α΄ τάξη του Επαγγελματικού Λυκείου, v) στην Α΄ τάξη του Εσπερινού Επαγγελματικού Λυκείου και vi) σε ΔΙΕΚ ενηλίκων αποφοίτων υποχρεωτικής εκπαίδευσης.

Στην Α΄ τάξη Λυκείου του Ενιαίου Ειδικού Επαγγελματικού Γυμνασίου-Λυκείου εγγράφονται, κατόπιν γνωμάτευσης του ΚΕΔΔΥ, κάτοχοι απολυτηρίου Γυμνασίου του Ενιαίου Ειδικού Επαγγελματικού Γυμνασίου-Λυκείου, καθώς και κάτοχοι απολυτηρίου των Ειδικών και Γενικών Γυμνασίων.

Μετά την ολοκλήρωση της φοίτησης των μαθητών στη Δ΄ τάξη, χορηγείται απολυτήριο Λυκείου, ισότιμο του Γενικού Λυκείου, και Επαγγελματικό πτυχίο ειδικότητας επιπέδου 4, σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στις κείμενες διατάξεις του Εσπερινού Επαγγελματικού Λυκείου. Επιπλέον, οι απόφοιτοι της Δ΄ Τάξης δύνανται, κατόπιν γνωμάτευσης του ΚΕΔΔΥ, να συνεχίσουν στο «Μεταλυκειακό έτος-τάξη μαθητείας».

Οι μαθητές που θα ολοκληρώσουν με επιτυχία τη φοίτηση τους (και τα πέντε έτη) έχουν τη δυνατότητα να εγγραφούν στη Β’ Τάξη της αντίστοιχης ειδικότητας του ΕΠΑΛ ή στην Α’ Τάξη άλλης ειδικότητας του ΕΠΑΛ (Γενικού ή Ειδικού).